Фільтрація води в акваріумі вирішує питання підтримання хімічного балансу лише частково. Фільтри не видаляють усіх відходів життєдіяльності акваріумних організмів — риб, рослин і молюсків. З часом накопичується аміак, підвищується рівень солей натрію. Концентратором осідаючих речовин є ґрунт акваріума: виділення природним шляхом опускаються вниз і розкладаються. Для підтримання екології середовища існування риб в акваріумі рекомендується періодично очищати ґрунт, використовуючи сифон.
Принцип роботи сифонов для ґрунту однаковий. Сенс процедури очищення полягає у відкачуванні води, що проходить через ґрунт і вимиває з нього домішки. На дно акваріума встановлюється стакан або воронка для безпосереднього збору забрудненої рідини. За допомогою шланга вода відкачується зі стакана природним шляхом, за допомогою ручного або електричного приводу у ємність. Процедура проводиться до повного очищення — вода у стакані має стати прозорою. Існують такі види сифонів:
Матеріал шланга і стакана має бути прозорим, для контролю ступеня очищення і потрапляння сторонніх предметів. Діаметр стакана має бути не менше 2 см, для запобігання висмоктуванню часток ґрунту. Внутрішній переріз шланга рекомендується не менше 1 см. Вкрай бажано оснащення стаканів сіткою-фільтром, особливо це стосується електричних моделей з швидкою примусовою циркуляцією. Шланг має бути еластичним, його вигини не повинні призводити до утворення заломів.